黨（群、團）政管理機構
黨政辦公室 黨委組織部（黨校） 黨委宣傳部
黨委統戰(zhàn)部（校友總會辦公室） 綜合監(jiān)察室（黨委巡察工作領導小組辦公室） 審查調查室
黨委教師工作部（人力資源管理處、黨委人才工作辦公室） 黨委學生工作部（學生處、黨委武裝工作部） 黨委保衛(wèi)工作部（公安處）
研究生工作處 教務處 科學技術處
學科規(guī)劃處（黨委深化改革辦公室） 招生與就業(yè)處 財務處（招標采購中心）
審計處 后勤與基建處 離退休處
旅順口校區(qū)管理與服務辦公室 團委 工會
國際合作與交流處（留學生部）
辦學機構
機械工程學院 材料科學與工程學院 交通工程學院
詹天佑學院（中車學院） 軌道智能工程學院 電氣工程學院
經濟管理學院 藝術設計學院 基礎部
馬克思主義學院 遠交大交通學院 信息學院
體育工作部 繼續(xù)教育學院（中日友好大連人才培訓中心）
教輔機構
創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)學院 高教研究所（學報編輯部） 教學質量監(jiān)控與評估中心（教師發(fā)展中心）
信息技術與數據管理中心 圖書館
保障服務機構
后勤集團（南區(qū)綜合管理辦公室） 國有資產與實驗室管理中心 校醫(yī)院
科技創(chuàng)新及成果轉化機構
國家大學科技園 軌道交通裝備技術國家地方聯合工程研究中心 教育部連續(xù)擠壓工程研究中心