黨（群、團）政管理機構(gòu)
黨政辦公室 黨委組織部（黨校） 黨委宣傳部
黨委統(tǒng)戰(zhàn)部（校友總會辦公室） 綜合監(jiān)察室（黨委巡察工作領(lǐng)導(dǎo)小組辦公室） 審查調(diào)查室
黨委教師工作部（人力資源管理處、黨委人才工作辦公室） 黨委學(xué)生工作部（學(xué)生處、黨委武裝工作部） 黨委保衛(wèi)工作部（公安處）
研究生工作處 教務(wù)處 科學(xué)技術(shù)處
學(xué)科規(guī)劃處（黨委深化改革辦公室） 招生與就業(yè)處 財務(wù)處（招標(biāo)采購中心）
審計處 后勤與基建處 離退休處
旅順口校區(qū)管理與服務(wù)辦公室 團委 工會
國際合作與交流處（留學(xué)生部）
辦學(xué)機構(gòu)
機械工程學(xué)院 材料科學(xué)與工程學(xué)院 交通工程學(xué)院
詹天佑學(xué)院（中車學(xué)院） 軌道智能工程學(xué)院 電氣工程學(xué)院
經(jīng)濟管理學(xué)院 藝術(shù)設(shè)計學(xué)院 基礎(chǔ)部
馬克思主義學(xué)院 遠交大交通學(xué)院 信息學(xué)院
體育工作部 繼續(xù)教育學(xué)院（中日友好大連人才培訓(xùn)中心）
教輔機構(gòu)
創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)學(xué)院 高教研究所（學(xué)報編輯部） 教學(xué)質(zhì)量監(jiān)控與評估中心（教師發(fā)展中心）
信息技術(shù)與數(shù)據(jù)管理中心 圖書館
保障服務(wù)機構(gòu)
后勤集團（南區(qū)綜合管理辦公室） 國有資產(chǎn)與實驗室管理中心 校醫(yī)院
科技創(chuàng)新及成果轉(zhuǎn)化機構(gòu)
國家大學(xué)科技園 軌道交通裝備技術(shù)國家地方聯(lián)合工程研究中心 教育部連續(xù)擠壓工程研究中心